まろんさんの意見に賛成です。もとはハードカバーででていても、短篇が加わったり、好きな人が解説したりしていると文庫版で読み直したりしますし、装丁も違ったりしますから、やはり違う本として扱うべきではないでしょうか。
それに、違う型ででた本を選別し、コメントを統合するのは、プログラム作成上困難だと思います。

同一内容に近いものが多いので、まとめて合ったほうがうれしいです。【文庫版】とかマーカーがつけば問題ないかと

文庫化は作家により「そのまま文庫化されるもの」「若干の加筆修正がされるもの」「文庫化による書き下ろし短編が加わるもの」「ほとんど別物になるもの」など色々なパターンがありますので一概に「同一内容」とはいいがたいと思います。