八戸から仙台に戻った清之助、修行の終わりを告げるべく鹿島へ向かう。米津寛兵衛の菩提を弔い、鹿島道場仲間と再会を果たす。だが主不在の道場はかつての緊迫感を失っていた。清之助は鹿島に逗留し道場の立て直しを図ることにする。師範の梶山隆次郎ほか同門仲間と特訓を始める。惣三郎と桂次郎は修行の仕上げに何と尾張柳生新陰流道場の門を叩く。宿敵惣三郎の登場に殺気立つ尾張柳生の面々。しかも桂次郎には今のままでは上覧試合出場の道はない。出場に向けた惣三郎の秘策や如何に。木曽川の地獄島では尾張柳生選抜の試練が繰り広げられていた。

八戸から仙台に戻った清之助、修行の終わりを告げるべく鹿島へ向かう。米津寛兵衛の菩提を弔い、鹿島道場仲間と再会を果たす。だが主不在の道場はかつての緊迫感を失っていた。清之助は鹿島に逗留し道場の立て直しを図ることにする。師範の梶山隆次郎ほか同門仲間と特訓を始める。惣三郎と桂次郎は修行の仕上げに何と尾張柳生新陰流道場の門を叩く。宿敵惣三郎の登場に殺気立つ尾張柳生の面々。しかも桂次郎には今のままでは上覧試合出場の道はない。出場に向けた惣三郎の秘策や如何に。木曽川の地獄島では尾張柳生選抜の試練が繰り広げられていた。

新陰流道場門下の八戸譚五郎は法要のため初めて故郷・八戸を訪れることに。旅慣れない譚五郎は修行を方便に清之助を巻き込んで共に旅立つ。寄港地・気仙沼で海賊サンボトジ頭と遭遇する。海賊サンボトジ頭の頭は平泉氏宗。またの名を柳生左門といい、何とあの柳生六郎兵衛の付き人であった。清之助が海賊を退治する。神保桂次郎と惣三郎の師弟は出羽三山で修行続ける。惣三郎は呟く「技量は清之助を超えた、あとは精神。。。」八戸にたどり着き、無事に法要を終えた二人だが、闇巫女に本家の子供たちが攫われた。恐山でイタコよね婆との霊験対決。

惣三郎の出奔に複雑な想いのしの、みわ、結衣たちは菊屋敷に引きこもる。惣三郎と武者修行を続ける桂次郎は自信を失っていた。だが初めて挑んだ道場での試合、あっさり勝った己の能力に驚く。長岡を立った清之助は仙台へ。縁あって願立流道場、新陰流道場を訪れ、久しぶりの道場稽古に励むも、金杉清之助を倒して名を高めようとする不埒者が次々現れる。自信をもって仙台に入った桂次郎は単身で新陰流道場に挑むが敗れ己の心の弱さを知り山中で一人修行に没頭する。父・惣三郎が桂次郎と共に仙台に居たことを知り、清之助は珍しくも密かに動揺する。

清之助は佐渡から越後へ。剣術家・五目帖右近を訪ね長岡に向かう途中、染井と房太郎の姉弟に出会う。村上藩内紛解決への密使を務める二人は刺客に狙われていた。刺客の中に次の剣術大試合にも呼ばれようとする剣術家・六条儀左衛門がいた。六条を制し姉弟を江戸へ送り出した清之助は中津川渓谷で一人稽古を再開した。江戸では惣三郎が剣術大試合の出場候補として新抜流の若者・神保桂次郎に可能性を見出し過酷な稽古を始める。清之助を上回る剣者に育て上げると惣三郎は宣告するのであった。訝しみ心配する周りの人々をよそに、二人は姿を消した。

騒動を嫌い金沢を早々に旅立った清之助。道中知り合った豪商・佐渡庄仁左衛門に導かれ佐渡へ渡る。そして佐渡奉行が手を焼く隠れ金山に巣くう至近十郎兵衛一派退治に一役買う。江戸では、惣三郎が具足武者に襲われる。尾張兄弟の策略なのか？武芸の衰退を憂える吉宗は剣術の大試合を再度開催せよと老中・水野忠之に命じる。そして清之助の参加を申し渡す。御用取次・有馬氏倫の横暴で失脚させられた高木北家が具足武者の正体と判明する。高木北一族は有馬の家臣を次々と殺害していた。吉宗は高木春信と一族の成敗を惣三郎に秘命する。

越前入り。強奪に娘略奪と海天狗一味が敦賀一帯を荒らし回っていた。小浜藩国家老・酒井伊織は密偵南次郎を通じ北陸逗留の清之助に助けを求め、共に海天狗撲滅を図る。頭の塩谷十左衛門は討ったのだが軍師の中条流剣豪・道傳精兵衛を取り逃がす。次に訪ねた鯖江藩城番組頭・彦根三八から道傳の過去の卑劣な戦い振りを聞かされる。彦根の紹介で永平寺に向かった清之助は初心に帰るため三十三日間の闇参籠に入る。初心を取り戻した清之助は金沢の地で道傳精兵衛との対決を迎える。☆江戸では、尾張徳川に雇われた薩摩剣士が惣三郎に挑んで敗れる(笑)

惣三郎と結衣は大和柳生から江戸への帰路に就いた。途中、無頼の輩に襲われる幕府御定番目付・跡部弦太郎の一行を助け、江戸まで同行することになる。無事に戻った惣三郎らは周りからの勧めもあり、旅の疲れを癒しに菊屋敷で過ごすことに。近辺で手練れの武士が殺害されるという事件が続く。過日のお礼にと跡部の遣いで久坂が菊屋敷を訪ねてきたが、その帰りに殺害される。怒りの惣三郎は囲碁さながらの駆け引きで犯人を炙り出す。☆清之助も大和柳生を立ち回国修行へ戻ることに。向かうは京を経て若狭へ、柳生から付けて来る影を意識しながら。

再会した父子娘3人は清之助の名古屋入りに尽力してくれた柳生藩へ御礼に向う。先の享保剣術大会2位の清之助に加え、その審判を務めた父の惣三郎までもが来た、という事で大和周辺は大騒ぎとなる。噂を聞きつけた腕に覚えのある剣士が次から次へと正木坂道場に押しかけて来る。また、近隣からは我が藩にも指南をという依頼が相次ぐ。困った柳生藩家老・小山田春右衛門と惣三郎は、近隣諸藩の有志を集めた合同大稽古を実施することになるのだが、その中に尾張柳生が送り込んだ幻の剣客・山澄能登守唯兼が潜んでいた。秘剣熊狩りと寒月霞斬りの対決。

最近様子がおかしいと心配していた矢先に結衣が家出した。どうも名古屋へ戻る旅芸人一座と一緒らしい。だが、それは裏で尾張徳川が糸を引く一座と判明。惣三郎は柳生の里に滞在する清之助に文を送り、自らも東海道を奔る。奈良での戦いに決着をつけた清之助は豪商・大和屋吉兵衛の紹介で柳生新陰流の原点である大和柳生にて修行を続ける。が、父からの早便を受け取るやすぐ熱田神宮へ向かう。2年半ぶりに再会した父子。娘かどわかしという剣術家にあるまじき尾張柳生の所業に怒る始祖・柳生厳包の亡霊に助けられ、金杉父子2代の尋常勝負が始まる。

老師・米津寛兵衛没後一年。鹿島へ追悼に赴く惣三郎。江戸では旗本屋敷を狙った付け火が頻発。被害にあった多くの当主や跡継ぎが殺害され他家からの養子がその跡目を継いでいた。何ゆえの陰謀か？そして今度は上から町方へ探索取りやめのお達しが下る。上とは誰の圧力なのか。一方、紀州から伊勢に廻った清之助は米津寛兵衛追悼のために奈良へ向かう。追善の参篭続ける清之助にまたもや刺客が迫る。尾張柳生下士の柳生小助とお円の父娘。片や惣三郎は旗本家跡目相続請負人と嘯く悪党と甘い汁を吸う御目付評定番・五味対馬守義春を成敗する。

飛鳥山の菊屋敷で金杉一家と仲間が結納を終えた棟方新左衛門・りくを祝っていた。そのさ中、江戸では仲人の石見銕太郎の元へ一人の女が訪れていた。「津軽から出てきた棟方新左衛門の許婚です」☆四国から紀州に渡った金杉清之助。紀伊藩の支藩である新宮藩で跡目争いが勃発。清之助も騒動に巻き込まれる。裏では尾張徳川が暗躍していた。吉宗出身の紀州で騒動を起こし将軍失脚の足掛かりにしようとの策略。高野山への復帰を餌に高野聖達が、そして傀儡の解々一膳坊とかつらぎ夫婦の秘技合わせ鏡が清之助を襲う。☆とうとう親子二本立てになった。