僕もこの現象は起こっています。
ただ原因の見当はついています。

読んだ著者の欄で作家の名前が例えば「恩田陸」と「恩田 陸」のように分割されることありますよね。詳しくは下の「「よく読む著者」が複数に分かれることがあります」トピックに書かれているので、詳しくは省きますがこれと同じ原因だと思います。つまり、読んだ本に登録していたのにまだ読んでいない本に分類されている本は著者が分断されていると思います。確認してみてください。
http://book.akahoshitakuya.com/c/2/t/40

一応は読書メーターのデータを更新したあとで読んだ本を一度解除して登録しなおせば、同じ著者の欄に統一されて全て正しく表示させることが出来ます。でも一括に更新は出来ませんし、ナイスやコメントが消えてしまうので全ての本を登録しなおしたくないというのが現状です。

私も気付きました。同じ症状です。

「○○さんがよく読む著者」から飛んだページで既読の本が
「○○さんがまだ読んでいない××さんの本」に表示されています。

まず「読んだ××さんの本」に全部表示されていないので、多すぎて読み込みきれていないのか…
でもkainushiBさんの症状をみるとそう単純な話ではなさそうです。システムのことはさっぱりですが

とにかく、全作読んだと自負してたのに読んでいない本で表示されるのは何か悔しいです。
早急に解決お願いします。